Novosibirsk é conhecido por ser um importante centro científico, abrigando seção siberiana da Academia de Ciências da Rússia, no qual existem dezenas de institutos de pesquisa, entre estes o Novosibirsk State University, Institutos de Física e Matemática Escolar do NSU e a Escola Superior de Informática. Nas proximidades, em Koltsovo, há o Centro de Virologia e Biotecnologia.
A cidade possui um total de 32 instituições de ensino superior (11 universidades, 8 academias e 13 instituições), além disso, existem 14 filiais de universidades de outras cidades da Rússia (incluindo instituições de Moscou e São Petersburgo). A maior universidade é a Universidade Técnica Estadual de Novosibirsk (NSTU), com mais de 22 mil alunos.
As universidades presentes na cidade são: Universidade Estadual de Novosibirsk, Universidade Técnica Estadual de Novosibirsk, Universidade Estadual Agrária de Novosibirsk, Universidade Estadual de Arquitetura e Engenharia Civil de Novosibirsk, Universidade Estadual de Medicina de Novosibirsk, Universidade Estadual de Economia e Gestão de Novosibirsk, Universidade Estadual Pedagógica de Novosibirsk, Universidade Estadual de Economia e Comércio da Rússia, Universidade Siberiana Estadual de Transporte Ferroviário, Universidade Siberiana Estadual de Telecomunicações e Informática e Universidade Siberiana de Cooperativas de Consumidores.
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