A existência do arquipélago foi relatada a Lisboa em algum momento até 16 de janeiro de 1504, quando o rei D. Manuel I de Portugal emitiu uma carta de concessão da "ilha de São João" como uma capitania hereditária de Fernão de Loronha.
A data e o novo nome na carta ainda são um enigma para os historiadores. Como Vespúcio não regressou a Lisboa até setembro de 1504, a descoberta deve ter sido anterior. Os historiadores têm a hipótese de que um navio perdido da frota de Coelho, sob o comando de um capitão desconhecido, pode ter retornado para a ilha (provavelmente no dia 29 de agosto de 1503, dia da festa da decapitação de São João Batista) para pegar Vespúcio, mas não encontrou ele ou qualquer outra pessoa e voltou para Lisboa com a notícia.
Vespúcio, em sua carta, afirma que ele deixou a ilha em 18 de agosto de 1503 e em sua chegada a Lisboa um ano depois, em 7 de setembro de 1504, o povo da cidade foi surpreendido, uma vez que "tinha sido dito" que o navio havia se perdido. O capitão, que regressou a Lisboa com a notícia (e com o nome São João) ainda é desconhecido.
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