Embora protegida pela designação de parque nacional, muito do seu ecossistema terrestre está destruído. A maior parte de vegetação original foi cortada na época em que a ilha funcionava como presídio, para tornar mais difícil que prisioneiros fugissem e se escondessem.
Existe também o problema das espécies invasivas, especialmente a linhaça, originalmente introduzida com a intenção de alimentar gado, sendo que, atualmente, a sua disseminação pelo território está fora de controle, ameaçando o que resta da vegetação original. Sem a cobertura das plantas, a ilha não retém água suficiente durante a estação seca, e a vegetação adquire um tom marrom, secando como consequência.
Observa-se também a incoerência da permissão de criação de ovelhas na ilha, ao mesmo tempo em que se pede aos visitantes que preservem a Mata Atlântica insular, em recuperação. Outra espécie invasiva é o lagarto localmente conhecido como teiú, originalmente introduzido para tentar controlar uma infestação de ratos. A ideia não funcionou, uma vez que os ratos são noturnos e o teiú diurno. Atualmente o lagarto passou a ser considerado praga em vez dos ratos.
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