As areias de Rocas têm origem biológica, sendo compostas principalmente por estruturas calcárias fósseis de algas coralináceas da sub-família Melobesioideae e da família Corallinaceae, além de algas verdes do gênero Halimeda e de foraminíferos bentônicos, principalmente Amphistegina radiata e Archaias sp (Coutinho e Morais, 1970 citado por KIKUCHI, 1999).
Essas areias de origem biológica acumularam-se em duas faixas com forma de anel aberto no interior do atol, originando a Ilha do Farol e a Ilha do Cemitério. Juntas, têm uma área de aproximadamente 36 ha. Durante a maré baixa, o anel de recifes que forma o atol fica exposto e, no seu interior, surgem piscinas naturais, de tamanhos diversos e profundidade de até 6 m. Na maré alta, apenas as duas ilhas interiores e o perímetro do atol, com sua margem formada por recifes, ficam emersas.
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