O atol é também o paraíso de muitas espécies aquáticas. Por se tratar de uma montanha isolada, próxima de mares profundos e afastados da costa, ele é ideal para peixes de todos os tamanhos, moluscos, algas, crustáceos e tartarugas. Quase cem espécies de algas, 44 de moluscos, 34 de esponjas, sete espécies de coral e duas espécies de tartarugas já foram ali identificadas. Entre os 24 crustáceos, destacam-se o caranguejo terrestre e o aratu, que somente habitam ilhas oceânicas. O primeiro levantamento da fauna de insetos do Atol foi realizado em 2000, quando 12 espécies de insetos foram registrados e 3 espécies de aracnídeos, dentre eles um escorpião com veneno pouco perigoso para humanos.
Em Rocas foram ainda catalogadas 147 espécies de peixes diferentes, entre os sargos, garoupas, meros e xaréus. Mas apenas duas dessas espécies, o bodião e a donzela são exclusivas da região, que abrange o Atol das Rocas e o Arquipélago de Fernando de Noronha, o tubarão-limão, uma espécie rara em Rocas tem motivado estudos de vários cientistas brasileiros e estrangeiros, a espécie passa o início da vida em cardumes, na laguna e nas piscinas do atol.
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