O Atol das Rocas serve de berçário a muitas espécies. Todos os anos milhares de aves e centenas de tartarugas-verdes retornam para lá para desovar. O local também é área de abrigo e alimentação da tartaruga-de-pente. Tem uma enorme importância ecológica fundamental por sua alta produtividade biológica e por ser uma importante zona de abrigo, alimentação e reprodução de diversas espécies animais.
Ao lado do Arquipélago de Fernando de Noronha, o Atol das Rocas é considerado uma das áreas mais importantes para a reprodução de aves marinhas tropicais do Brasil, abrigando pelo menos 150 milhares de aves, de quase 30 espécies diferentes. Atualmente vivem, o ano todo, cinco espécies de aves residentes: duas de atobás, uma de trinta-réis ou andorinha-do-mar e duas de viuvinhas, os atobás-de-patas-vermelhas e as fragatas vêm de Fernando de Noronha para pescar. Além delas, 25 espécies migratórias fazem de Rocas um porto permanente. Passam por ali espécies originárias da Venezuela, da África e até maçaricos provenientes da Sibéria.
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