Uma das características marcantes de Ilhabela é a predominância da Mata Atlântica, sendo a Serra de Ilhabela coberta pela floresta latifoliada tropical úmida de encosta. Dentre todos os municípios abrangidos pela Mata Atlântica, Ilhabela foi aquele que mais preservou a floresta no período compreendido entre os anos de 1995 a 2000, graças a um programa de contenção da expansão urbana desordenada, que é desenvolvido pela administração municipal na área de entorno do Parque Estadual de Ilhabela (PEI), criado em 20 de janeiro de 1977 pelo decreto estadual nº 9414, com área de 27,025 hectares correspondente a cerca de 84,3% do território do município (o que incluiu grande parte da ilha principal, 11 outras ilhas, três ilhotes, três lajes e um parcel). A importância do parque lhe valeu inclusão na região conhecida como reserva de biosfera pela UNESCO e nas áreas abrangidas pela Aliança para a Extinção zero (AZE) e designação como Área Importante para a Preservação de Aves (IBA).
Um levantamento de 2015 da Fundação Florestal listou 1569 espécies de flora na área do Parque Estadual.
O município é lar de espécies endêmicas como o rato cururuá, as serpentes Siphonops insulanus e Liotyphlops caissara e os lagartos teiú e teiú de Búzios (Tupinambis merianae sebastiani e Tupinambis merianae buzionensis, respectivamente; esta última endêmica da Ilha de Búzios), sendo ponto de avistamento também de 66 espécies de aves distribuídas estritamente na mata atlântica, sendo cinco consideradas globalmente ameaçadas de extinção em 2015.
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